Как и в первой части игры, Вы действуете от лица Сэма Фишера, оперативника Управление национальной безопасности США. Захватывающий сюжет переносит Вас в ближайшее будущее. Вы погружаетесь в напряженную атмосферу работы разведывательных агентств. В Вашем распоряжении - последние технологии проникновения в тыл противника, ведения боя и сбора разведданных. У Вас есть выбор: убивать или нет, но… Ваша цель - уйти незамеченным.
Февраль 2006:
Войска США вовлечены в конфликт между Восточным Тимором и поддерживаемыми правительством индонезийскими партизанами. Чтобы обезопасить себя от возможных покушений, военный лидер партизан Сухади Садано, разбросал по всему миру переносчиков оспы, которые должны быть выпущены на свободу в случае его смерти. Перед Сэмом Фишером ставится новая задача: защитить американские войска в различных точках земного шара, положить конец "перестраховочной политики" Сухади и обезглавить партизанскую группировку.